Kaldejska Cerkev izvira iz izročila asirske Cerkve oziroma sirsko – vzhodne Cerkve.
Ta zadnja je pred kalcedonska Cerkev, ker se je ločila iz občestva z drugimi Cerkvami
pred kalcedonskim koncilom. Etnično izhajajo njeni verniki iz judovskih skupnosti
v Babilonu, potem ko je Nebukadnezar uničil Jeruzalem in so prevzeli del kulture aramcev,
Perzijcev in Arabcev. Kakor je rečeno v apostolskih delih o tistih, ki so bili za
binkošti navzoči v Jeruzalemu: »Parti, Medijci in Elámci in tisti, ki prebivamo
v Mezopotamiji«.
Po enem izročilu naj bi vero prejeli po svetem Tomažu,
ki se je na poti v Indijo za sedem let ustavil v Selevkiji, po drugem izročilu pa
naj bi vero prejeli po Addaiju sirsko ime za Tadeja, enega od 72 Jezusovih učencev,
kateremu naj bi Jezus izročil svojo podobo na tkanini za gobavega edeškega kralja,
ki naj bi ob pogledu na podobo ozdravel. Kakor koli že, zgodovinsko je dokazano, da
je prišlo krščanstvo v Perzijo iz Edese okoli leta 225. Edesa je bilo prvo središče
Cerkve v sirskem jeziku, preden se je le-ta razdelila na vzhodno in zahodno Cerkev.
Četrto
stoletje je bilo odbdobje razcveta asirske Cerkve, ki se je začelo leta 325 po ustanovitvi
šole v Nisibiju v današnji jugovzhodni Turčiji. V tej šoli so med drugim tudi prevajali
spise iz grščine v sirščino. Med učitelji te šole najbolj izstopa Efrem Sirski. Ko
je leta 363 cesar Janez mesto Nisibi prepustil perzijcem, so šolo prestavili v Edeso,
kamor se je preselil tudi Efrem. Pod perzijci, ki so imeli uradno vero zoroastrizem,
je sledilo veliko preganjanje kristjanov. Izročila poročajo o šestnajst tisoč do celo
sto devetdeset tisoč mučencev. Zaradi preganjanja je v perzijski Cerkvi vedno bolj
zorela želja, da bi se ločila od zahodne Cerkve in postala samostojna. Na sinodi v
Selevkiji leta 486 se je perzijska Cerkev razglasila za nestorijansko ter sprejela
za uradno teologijo kristološke spise Teodorja iz Mopsuestije, da je Kristus popolnoma
Bog in popolnoma človek in da sta tako v njem dve osebi. Posledično tudi niso sprejeli
dogme Efeškega koncila iz leta 431, da je Marija Božja Mati (Theotokos), saj je po
njihovem Marija mati le Kristusa človeka.
V VI. stoletju se je začelo živahno
misijonsko delovanje nestorijanske Cerkve, ki je trajalo skoraj celo tisočletje. V
VIII. in IX. stoletju naj bi bilo na Kitajskem 30 nadškofijskih sedežev z okoli 250
škofijami v katerih naj bi bilo okoli 80 milijonov vernikov. Sledila so stoletja različnih
političnih nadvlad od arabcev do mongolov in muslimanov z obdobji preganjanj in miru.
Prav tako pa so si v drugem tisočletju sledila bolj ali manj neuspešna prizadevanja
rimske Cerkve po ponovni združitvi z nestorijansko Cerkvijo saj večkrat ni bilo jasno
s katero strujo se dogovarjati. Obdobje od XV. do XIX. stoletja je obdobje porajanja
kaldejske Cerkve, ki pa je bilo ravno zaradi različnih struj, načinov nasledstva patriarhov
in političnih nadvlad zelo zapleteno.
Šele leta 1830 je papež Pij VIII. podelil
Yuhannanu Hormizdu naslov patriarh, potem ko je obljubil, da ne bodo nadaljevali z
načinom dednega nasledstva, nipotizmom. Leta 1847 so škofje izvolili za patriarha
kaldejcev Youssifa Audo. Med njegovim službovanjem je mnogo nestorijancev prestopilo
v kaldejsko Cerkvev. Med prvo svetovno vojno je bilo ubitih okoli 70 tisoč vernikov
kaldejske katoliške Cerkve. Leta 1950 so sedež patriarhata prenesli v Bagdad. Od leta
2003 je primas kaldejske Cerkve Njegova blaženost, kardinal Emanuel III. Delly, ki
je na čelu malo več kot 351 tisoč vernikov, od katerih jih je tretina v diaspori.