Tre vjet pas vdekjes dhe një vit pas kanonizimit të Shën Kjarës, në vitin 1257, filloi
ndërtimi i kishës dhe i kuvendit të klarisave, të cilat që nga viti 1212 jetonin në
Shën Damian. Në atë vend ngrihej më parë kisha e Shën Gjergjit, ku u varros shën Françesku,
para se trupi i tij të kalonte në bazilikë, në vitin 1230. Karakteristikë arkitektonike
janë fashat ngjyrë rozë e bardh e harqet e mëdha, mbi të cilat mbështetet kisha në
të dyja anët. Brenda, bazilika është e ngjashme me Bazilikën e Epërme të Shën Françeskut,
me një navatë të vetme, që përfundon në transetin me absidën poligonale. I gjithë
perimetri i kishës përshkohet nga një galeri, por në ndryshim nga Bazilika e Shën
Françeskut, ajo ndodhet në lartësinë e kapitelit të shtyllave. Në të djathtë të navatës
shihet Kapela e të Kryqëzuarit, që, së bashku me Kapelën e Sakramentit, ishte pjesë
e navatës qendrore të kishës së mëparshme të Shën Gjergjit, ku Papa Gregori IX e shpalli
shën Françeskun shenjt në vitin 1228. Kryqi me të Kryqëzuarin në kapelën përkatëse
është ai që i foli të Vobektit të Asizit në Shën Damian, duke i urdhëruar ta sistemonte
kishën. Pas hekurave, reliket e shën Françeskut e të Shën Kjarës. Në kapelën që pason,
afresku i Puço Kapanës (1340-46), Zoja me Jezusin Fëmijë në fron së bashku me Shën
Kjarën, Shën Gjon Pagëzuesin, Kryeengjëllin Mëhill e Shën Françeskun. Afresket e tjera
janë të shkollës së Xhotos e të Lorencetit. Në të djathtë, një tabllo me jetën e Shën
Kjarës i të ashtuquajturit Mjeshtër i Shën Kjarës, të cilit i atribuohet edhe Kryqi
në absidë; afreske me Shën Kjarën e skena biblike nga i ashtuquajturi Mjeshtër Ekspresionist
i Shën Kjarës. Elteri qendror rrethohet nga 12 kolona poligonale, vepër i një gurgdhendësi
nga Umbria në shekullin XV. Porta prej hekuri është e shekullit XVIII.