Початок християнства в Японії сягає 16-го століття. У 1549 році туди прибув місіонер-єзуїт
св. Франциск Ксаверій. Церковні спільноти швидко розвивалися. У 1582 році в країні
було 82 місіонери і 200 церков. Але вже незабаром розпочалися переслідування, які
стали одними з найжорстокіших в історії християнства. Та місцеві християни, позбавлені
єпископів, священиків та храмів, зуміли зберегти віру протягом цього періоду, що тривав
три століття. Лише у 1889 році нова Конституція гарантувала релігійну свободу. У 1891
році Папа Лев ХІІІ створив єрархічну структуру для Японії, у 1927 році було висвячено
першого єпископа-японця, а в 1940 році уже всі єпископи були японцями і уряд офіційно
визнав Католицьку Церкву.
У 1981 році, в лютому, Японію відвідав Слуга Божий
Папа Іван Павло ІІ.
На даний час Католицька Церква в Японії ділиться на 16
дієцезій, об’єднаних у три Митрополії.