1952 októberében kezdte meg az akkor egy éve pappá szentelt Joseph Ratzinger tanári
tevékenységét a Fresingi Szemináriumban. Nehéz dolga volt, mert nem egy diák idősebb
volt nála. Mégis könnyen alakított ki emberi kapcsolatokat – ebben nagy szerepet játszott
Michael Höck rektor is, akinek sikerült családias hangulatot hoznia a szeminárium
életébe. Joseph Ratzinger 1953-ban védte meg doktori tézisét – ez évben ürült meg
a freisingi dogmatikai tanszék is. Ezt 1954-ben nyerte el – miután a közismert teológus,
P. Viktor Schurr három félévig helyettesként tevékenykedett ott. Közben az ifjú tanár
elkezdte írni habilitációs disszertációját is, amelynek témáját régi müncheni professzora,
Söhngen jelölte ki: Szent Bonaventúra történelemteológiája. Joseph Ratzinger végül
1957-ben habilitált, majd disszertációját 1959-ben adták ki könyvként. 1958-ban
Joseph Ratzinger meghívást kapott a bonni fundamentális teológia tanszékre, ahol 1959-ben
kezdte meg tanári tevékenységét. Itt pezsgő egyetemi életbe csöppent bele a fiatal
professzor. Hamarosan találkozott a híres kölni érsekkel, Joseph Frings bíborossal,
akivel már az első beszélgetéskor nagyon jól megértették egymást. A főpásztor többször
bejárt az ifjú Joseph Ratzinger előadásaira, meghallgatta konferenciabeszédeit is. Ekkor
történt egy eset, ami nagy hatással volt a jövőre. Egy koncert szünetében Frings bíboros
felkérte Joseph Ratzinger, hogy írjon számára egy szöveget, amelyet majd Genovában
ad elő. Az előadás címe: „A zsinat és a modern szellemi világ” volt. Később visszagondolva
XVI. Benedek elmondta, hogy a szöveg néhol kissé kemény volt. Azonban az események
drámai fordulatot vettek. Olaszországban nagyon hamar híre ment az előadásnak, s Frings
bíboros egyszerre felszólítást kapott, hogy jelenjen meg a pápa, XXIII. János előtt.
Nem kis félelemmel indult útnak, s amikor bíborosi reverendáját és jelvényeit felöltötte,
így szólt titkárához: „Talán most hordom ezeket utoljára”. Azonban a Szentatya a találkozáskor
a főpásztor elé sietett, átölelte, s így szólt hozzá: „Bíboros úr, maga mindent elmondott,
amit én gondoltam és mondani akartam, azonban én magam nem mondhattam el”. Az elkövetkező
időkben Frings bíboros minden szövegtervezetet, amelyet a Kúria a II. Vatikáni Zsinat
hajnalán elküldött a zsinati atyáknak, átadott Ratzinger professzornak, akit azzal
is megbízott, hogy vezesse be a német püspököket a Zsinat tematikájába. Végül Frings
bíboros felkérte a fiatal professzort, hogy legyen teológiai tanácsadója a Zsinaton.
Ezek az évek, a történelmi pillanat és a világegyház megtapasztalása rendkívüli hatással
volt Joseph Ratzinger életére és gondolkodására. 1963-ban Joseph Ratzinger elhagyta
Bonnt, és a Münsteri Egyetemen lett a dogmatikai és dogmatörténeti tanszék vezetője,
három év múlva pedig tovább költözött Tübingenbe. Mint később elmondta, ebben nagy
szerepet játszhatott a „dél, vagyis Bajorország felé való vonzódás”. Nehéz időszak
volt ez Joseph Ratzinger életében, különösen, amikor dékán is lett. Ezekben az években
élte át Nyugat-Európa a diákmozgalmakat. A hangnem eldurvult a diákok és a professzorok
között, sőt nem egyszer tettlegességre is sor került. Max Seckler, a neves fundamentálteológus
is Tübingenben tanított már ekkor, s visszaemlékszik erre az időszakra. A szelíd,
barátságos, az erőszakkal mit kezdeni nem tudó Joseph Ratzinger professzort az ordítozó,
erőszakos diákok többször szóban támadták, előadás közben szabadon kiabáltak. A viták
tény- és tárgyszerűsége már nem volt szempont, csak a düh és az indulatok uralkodtak.
Egy olyan alapvetően egyszerű és békés ember számára, mint ő, ez igen nagy megrázkódtatás
kellett, hogy legyen. Seckler professzor elmondta, hogy bár korábban Joseph Ratzinger
sokfelé nyitott, keresve a világgal való párbeszédet, ráébredt arra, hogy a túlzott
nyitottság, a világ túlzó befogadása az Egyházba és a teológiába relativizmushoz,
végső soron káoszhoz vezet. Ez a tapasztalat nagyban befolyásolta későbbi teológiai
munkásságát. Így Joseph Ratzinger igen boldog volt, amikor 1969-ben a nemrég útjára
indított Regensburgi Egyetemre kapott meghívást – itt már újra hőn szeretett Bajorországa
földjén élhetett. Ezek az évek alkalmat adta neki, hogy teológiai szintézisét átgondolja,
s önmaga által felállított mércéit felülvizsgálja. Ezidőtájt két új feladat jutott
osztályrészéül: egyfelől 1969-ben meghívták a Nemzetközi Teológiai Bizottságba, másfelől
pedig társa-alapítója lett az 1972-ben útjára indított nemzetközi katolikus teológiai
folyóiratnak, a Communiónak. Bár mindkét terület sok nehézséggel járt, hisz nemegyszer
nagyon eltérő véleményű emberekkel kellett együttdolgoznia, Joseph Ratzinger szerint
azonban mégis rendkívül gyümölcsözőek voltak számára ezek a feladatok. Nemsokára kinevezték
a Regensburgi Egyetem rektor-helyettesének, ám 1977-ben VI. Pál elszólította a katedrától
a münchen-freisingi érseki székbe, s ezzel életének egy új szakasza kezdődött meg.