Kisha madhështore u ndërtua në epokën mesjetare, për të ruajtur reliket e ipeshkvit
martir, Shën Rufinit, trupi i të cilit u gjet në Kostano, pranë brigjeve të Kiaskios.
U ngrit nga ipeshkvi Ugone, rreth vitit 1029, pas një ngjarjeje të mrekullueshme,
treguar nga Shën Pier Damiani. Për të ruajtur reliket e Shën Rufinit, u përdor një
sarkofag i shekullit III, stolisur në pjesën ballore, nga një basoreliev me mitin
e Dianës e të Endimionit. Në vitin 1035 iu dha titulli i katedrales, që deri atëherë
e kishte Shën Maria e Madhe, para së cilës Shën Françesku, në praninë e ipeshkvit
Guido, qe zhveshur lakuriq, për t’ia kthyer të gjitha rrobat babait, të zemëruar në
kulm. Më 1140 këtu u themelua kisha e re, aktuale, vepër e Gjonit të Gubios, arkitekt
i njohur i kohës, i cili në vitin 1163 nënshkruante rozonin e fasadës së Shën Marisë
së Madhe. Atëherë nga sarkofagu, i vendosur në kriptën Ugoniane, reliket e Shenjtit
pajtor u mbartën e u rivarrosen në bazilikën e re. Në sa kisha u shugurua solemnisht
vetëm ndonjë vit më pas, më 1228, nga papa Gregori IX, që ishte personalisht në Asizi,
për shenjtërimin e Françeskut. Kumbonarja kuadrate, që lartohet në anën e djathtë
të fasadës, mbi një saranxhë romake, i përket ndërtesës të shekullit XI. Bazilika,
me tri navata, u restaurua plotësisht në vitin 1571 nga Galeaco Alesi. Në krye të
navatës së djathtë është gurra e Pagëzimit, ku u pagëzuan Shën Françesku (më 10 tetor
1182), Shën Kiara, Federiko II i Svevies (1197) e shumë e shumë bij të tjerë të shquar
të Asizit. Tabernakulli elegant prej terrakote u realizua në vitin 1882, kur Asizi
kremtonte shtatëqind vjetorin e lindjes së Shën Françeskut. Dy elterët, ku dynden
më shumë besimtarët, janë Kapela e Zojës së Dhimbshme e ajo e Shën Vitalit. E para
u ndërtua në vitin 1496, për nder të një mrekullie. Ndodhi para figurës së Zojës së
Dhimbshme, që mban në prehër të Birin, të sapozbritur nga kryqi. Kapela tjetër u ngrit
në vitin 1575, kur kanonikët e Shën Rufinit vendosën t’i transferojnë reliket e Shenjtit.
Pranë sakrestisë mund të admirohet një lloj shpelle, që njihet me emrin “Oratorio
i Shën Françeskut”, ku Shenjti meditonte, para se të predikonte në katedrale. Tërheqëse,
edhe Kapela e Sakramentit, realizuar e afreskuar nga Gjorgjeti (1663). Pikturat e
reja, që soditen në mure, me skena nga Besëlidhja e Vjetër dhe e Re, mendohet të jenë
realizuar nga Andrea Karloni, në shekullin XVI. Mbi elterin e fundmë, më të djathë,
është një Krisht i adhuruar nga shenjtorët, vepër e Dono Donit (1555); në dy elterët
anash elterit të madh, admirohen dy vepra të tjera të artistit asizian: “Varrosja
e Krishtit” dhe “Kryqëzimi” (1563). Shtatoret prej mermeri të Shën Françeskut e të
Shën Kiarës, në të dyja anët e elterit të madh, janë të D. Dupré; në qendër të korit
është shtatorja e Shën Rufinit e Lemoyne. Nga navata e majtë mund të zbritet në cisternën
romake, me formë kuadrate. Mund të vizitohet edhe kripta e vjetër (shekulli XI), e
kohës së ipeshkvit Ugo.