Gjatë papnisë së tij, Gjon Pali II botoi 14 enciklika, 15 nxitje apostolike, 13 kushtetuta
apostolike dhe 45 letra apostolike. Shkroi 5 libra: “Të kapërcesh pragun e shpresës
(tetor 1994), me Vittorio Messori-n, (përkthyer në gjuhën shqipe); “Dhuratë e mister
(nëntor 1996); Triptiku romak – meditime poetike (mars, 2003), Çohuni të
shkojmë! (maj 2004) dhe Kujtesë e identitet (shkurt 2005). Gjon Pali i
II themeloi Institutin e studimeve për martesën e familjen, që mori emrin e tij
dhe dhe institutin “Populorum progressio”, për popujt e Amerikës së Jugut. Themeloi
gjithashtu Akademinë Papnore për Jetën dhe Akademinë Papnore për Shkencat
Sshoqërore. Vepër e tij është edhe themelimi i Ditës Botërore të të Sëmurëve
dhe Ditës Botërore të Rinisë.
Enciklikat:
1. “Redemptor
homnis” - Krishti, Shëlbuesi i njeriut (4 mars 1979). 2. “Dives in misericordia”
- Mëshira e Hyjit; (30 nëntor 1980). 3. “Laborem exercens” - Mbi punën
njerëzore, me rastin e 90 vjetorit të “Rerum Novarum” (14 shtator 1981). 4. “Slavorum
Apostoli” – Apostujt e Sllavëve, kushtuar Shenjtorëve vëllezër, Çirili e Metodi
(2 qershor 1985). 5. “Dominum et Vivificantem”- Zot e jetëdhënës; kushtuar
ndikimit të Shpirtit të Shenjtë mbi jetën e Kishës e të botës (18 maj 1986). 6.
“Redemptoris Mater” – “Nëna e Shëlbuesit”, kushtuar së Lumes Virgjër Mari
(25 mars 1987). 7. “Sollicitudo rei socialis”, mbi zhvillimin e njeriut
dhe të shoqërisë, shkruar me rastin e 20 vjetorit të “Populorum progressio” (30 dhjetor
1987). 8. “Redemptoris missio”, mbi vlerën e përhershme të veprimtarisë
misionare (7 dhjetor 1990). 9. “Centesimus annus”, me rastin e 100 vjetorit
të “Rerum Novarum” (1 maj 1991) 10. “Veritatis splendor”, mbi mësimin e
Kishës rreth disa çështjeve themelore të moralit (6 gusht 1993). 11. “Evangelium
vitæ”- Ungjilli i jetës: mbi vlerën dhe paprekshmërinë e jetës së njeriut (25
mars 1995). 12. “Ut unum sint” – “Që të jemi një”: kushtuar dialogut ekumenik,
për bashkimin e të krishterëve (25 maj 1995). 13. “Fides et ratio” – Feja
e arsyeja: kushtuar lidhjes së ngushtë të fesë me arsyen (14 shtator 1998). Përkthyer
shqip, me titullin: “Besimi dhe Arsyeja”, Botimet Pauline, Tiranë, mars 2005. 14.
“Ecclesia de Eucharistia”: mbi lidhjen e pazgjidhshme të Eukaristisë me Kishën
(17 prill 2003). Përkthyer shqip me titull: “Kisha jeton prej Eukaristisë”. Të
gjitha enciklikat janë përkthyer në latinisht dhe në pesë gjuhë të tjera kryesore
të botës: anglisht, frëngjisht, gjermanisht, spanjisht, italisht. Mund të lexohen
edhe në gjuhën polake, kineze, arabe, kroate, portugeze.