Kościół w Salwadorze z mieszanymi uczuciami podchodzi do projektu wyjaśnienia zabójstw
politycznych z czasów dyktatury wojskowej (1979-1992). Prezydent Mauricio Funes poparł
pomysł ponownego dochodzenia m.in. w sprawie śmierci abp. Óscara Arnulfo Romero oraz
sześciu jezuitów związanych z Uniwersytetem Środkowoamerykańskim. Oskarżeni o zabójstwa
na tle politycznym wojskowi zostali w 1993 r. amnestionowani. Samą ideę ostatecznego
wyjaśnienia wydarzeń sprzed 20 i 30 lat poparł obecny arcybiskup San Salvador, José
Luis Escobar Alas. Zastrzegł jednak, że nie do władzy wykonawczej należy takie posunięcie,
a do zgromadzenia ustawodawczego i sądu. Dodał zarazem, że odwołanie amnestii może
wprowadzić kraj w „trudną sytuację”, łącznie z nawrotem fali przemocy.