Jednym z krajów, gdzie nieustannie dochodzi do prześladowania chrześcijan jest Indonezja.
W 2004 roku zamknięto tam, co najmniej 23 chrześcijańskie miejsca kultu. Obecnie Indonezyjska
Rada Ulemów potępiła akty przemocy, które doprowadziły do zamknięcia kościołów we
wschodniej części wyspy Jawa. Jej przewodniczący, Umar Shihab, wypowiedział się w
tej sprawie na forum parlamentarnej komisji do spraw religijnych, społecznych oraz
zagadnień kobiet. Jego zdaniem zamknięcie chrześcijańskich świątyń stanowiło „formę
przemocy”.
Kierowana przez niego organizacja, zrzeszająca uczonych studiujących
islam i szariat nie toleruje wymierzania sprawiedliwości na własną rękę, a Koran jego
zdaniem sprzeciwia się przemocy. Indonezyjska Rada Ulemów nie wystąpiła jednak z wnioskiem
o wycofanie kontrowersyjnego przepisu, w myśl którego na wybudowanie miejsca kultu
niezbędna jest zgoda lokalnej społeczności. Zdaniem wielu chrześcijan praktycznie
uniemożliwia on budowę nowych kościołów. Przymuszanie chrześcijan do zamykania swych
świątyń potępił także wiceprezydent Indonezji Jusuf Kalla. Zaapelował on do policji
by ukarała winnych takich przestępstw.